במכללה בכפר חב"ד פועלים שלושה 'חדרי מדעים' משוכללים. חדרים אלו משמשים כמעבדות וכחדרי משאבים למקצועות המדעים. אחראית על תחום המדעים במכללה: הגב' ד"ר מלכה אפשטיין.
